La Dirección General de Memoria Democrática lleva a cabo actuaciones encaminadas a recuperar e identificar los restos de las víctimas desaparecidas. Destaca la elaboración del Mapa de Fosas, actualmente 702 en Andalucía con 48.349 víctimas estimadas.
La localización, exhumación e identificación se incoa de oficio por la Junta o por los Ayuntamientos, a instancias de familiares, entidades memorialistas e investigadores, habiéndose aprobado un Protocolo Andaluz de actuación en exhumaciones de víctimas de la Guerra Civil y la Posguerra mediante Orden de 7 de Septiembre de 2009.